Передача ОРВИ

Nature Communications, том 14, номер статьи: 4078 (2023) Цитировать эту статью

14 тысяч доступов

1015 Альтметрика

Подробности о метриках

SARS-CoV-2 — зоонозный вирус с документально подтвержденной двунаправленной передачей между людьми и животными. Передача SARS-CoV-2 от человека свободно гуляющему белохвостому оленю (Odocoileus Virginianus) представляет собой уникальный риск для общественного здравоохранения из-за возможности создания резервуара, в котором варианты могут сохраняться и развиваться. В период с ноября 2021 года по апрель 2022 года мы собрали 8830 образцов дыхательных путей у свободно гуляющих белохвостых оленей в Вашингтоне, округ Колумбия, и в 26 штатах США. Мы получили 391 последовательность и идентифицировали 34 линии Панго, включая Альфа, Гамму, Дельту и Омикрон. варианты. Эволюционный анализ показал, что эти вирусы белохвостого оленя произошли как минимум в результате 109 независимых вторичных заражений от человека, что привело к 39 случаям последующей локальной передачи вируса от оленя к оленю и трем случаям потенциального заражения от белохвостого оленя обратно к человеку. Вирусы неоднократно адаптировались к белохвостым оленям с повторяющимися заменами аминокислот в шипах и других белках. В целом, наши результаты показывают, что несколько линий SARS-CoV-2 были завезены, стали энзоотическими и совместно циркулировали у белохвостых оленей.

Коронавирус-2 синдрома тяжелого острого респираторного заболевания (SARS-CoV-2) представляет собой зоонозный вирус1, похожий на другие коронавирусы с тяжелыми последствиями, включая коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома и коронавирус ближневосточного респираторного синдрома2. С момента своего появления в 2019 году SARS-CoV-2 быстро эволюционировал и произвел множество генетических вариантов SARS-CoV-2, включая вызывающие опасения варианты (VOC) Альфа, Бета, Гамма, Дельта и Омикрон3. Помимо людей, инфекция SARS-CoV-2 была зарегистрирована у широкого круга диких, домашних и экзотических животных, содержащихся в неволе, таких как олени4, норки5,6,7, крысы8, выдры, хорьки, хомяки, гориллы, кошки. , собаки, львы и тигры9. Кроме того, передача SARS-CoV-2 от животных к человеку, хотя и не является распространенной, была задокументирована или подозреваема у выращиваемой на фермах норки (Neogale vison)5, 6, домашних кошек (Felis catus)10 и белохвостого оленя (Odocoileus Virginianus). 11, подчеркивая, что животные являются потенциальными резервуарами вторичных зоонозных инфекций. Под животным-резервуаром SARS-CoV-2 понимается хозяин, в котором вирус циркулирует скрытно, персистирует в популяции и может передаваться другим животным или людям, потенциально вызывая вспышки заболевания.

Белохвостый олень распространен как в городских, так и в сельских районах Северной Америки, его популяция оценивается в 30 миллионов человек и распространена по всей территории Соединенных Штатов (США). Дамас и др. (2020) показали высокую степень идентичности последовательностей между белками ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE2) человека и белохвостого оленя12, а экспериментальные исследования инфекций продемонстрировали, что (штамм Wuhan-Hu-1)-подобный вирус SARS-CoV-2 может легко заражают белохвостых оленей и приводят к выделению большого количества вируса и дальнейшему распространению среди наивных сородичей13,14,15. Чендлер и др. По оценкам, 40% протестированных белохвостых оленей подверглись воздействию SARS-CoV-2, начиная с января 2020 года в четырех штатах США16. Впоследствии активные инфекции SARS-CoV-2, о чем свидетельствует обнаружение полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), были зарегистрированы у белохвостых оленей в США (т. е. Огайо4, Айова17, Пенсильвания18, Нью-Йорк19) и в Онтарио. , Канада11. Вирусы, зарегистрированные на сегодняшний день у белохвостых оленей, генетически разнообразны, включая линии Pango20 B.1.2 и B.1.311 в Айове (период выборки с апреля 2020 г. по январь 2021 г.)17, B.1.2, B.1.582, B.1.596 в Огайо (январь – март 2021 г.)4, B.1.1.7 (Альфа), AY.88 (Дельта), AY.5 (Дельта) и AY.103 (Дельта) в Пенсильвании (январь – ноябрь 2021 г.)18, B .1, B.1.1, B.1.2, B.1.243, B.1.409, B.1.507, B.1.517, B.1.1.7 (Альфа), B.1.1.28 (Гамма), P.1 (Гамма) ), и B.1.617.2 (Дельта) в Нью-Йорке (сентябрь 2020 г. – декабрь 2021 г.)19 и B.1.641 (декабрь 2021 г.) в Онтарио (ноябрь – декабрь 2021 г.)11. Интересно, что большинство этих вирусов белохвостого оленя были генетически связаны с вирусами, которые одновременно циркулировали у людей. Идентификация генетически очень сходных вирусов у нескольких животных, пойманных в два разных дня в одном и том же или близлежащем месте, позволила предположить, что SARS-CoV-2, вероятно, передавался в популяциях белохвостых оленей4, 19. Эпидемиологические данные о возможной передаче SARS-CoV-2 Сообщалось о 2 случаях от белохвостого оленя людям в Канаде11.

50% (Supplementary Data 1). Overall, 282 samples had high sequencing coverage (i.e., >95% of the reference genome) and were selected for further evolutionary analyses./p>

95% of the reference genome (n = 282), an IRMA score of 95%, were selected for further evolutionary analyses./p>0.7, as well as geographically nearby counties. Different statistical support levels were defined as follows: 3 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 10 indicates support; 10 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 100 indicates strong support; 100 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 1000 indicates very strong support; and Bayes factor \(\ge\) 1000 indicates decisive support./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. The timescale of the phylogenetic tree was represented in units of years, and the scale bar indicates the divergence time in years./p>

0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor sequence and the white-tailed deer SARS-CoV sequence was ≥99.85%./p> 0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor SARS-CoV sequence and at least one of the white-tailed deer SARS-CoV sequences ≥99.85%./p> 0.7 for both human1-the deer branch and the deer-human2 subbranch; 4) the nucleotide sequence identity between human1 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2, and that between human2 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2 was ≥99.85%./p>0.9 to be significant, indicating either positive selection (prob(α < β)) or negative selection (prob(α > β))61./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. All these publicly available sequences and associated metadata used in this dataset are published in GISAID’s EpiCoV database and NCBI SARS-CoV-2 Resources./p>

Новости